Les cours d’eau sont les écosystèmes d’eau courante communément appelés torrents, ruisseaux, rivières ou fleuves. L’utilisation de ces différents noms est subjective et dépend de critères tels que la taille (par exemple, un ruisseau est généralement plus petit qu’une rivière) ou la pente (en montagne, les cours d’eau sont appelés torrents).
La Bionne est le cours d’eau principal du bassin versant drainant les eaux de tous les affluents. Il faut noter que la dénomination de la Bionne est « l’Esse ou la Grande Esse » sur toute la partie amont du bassin versant, en amont de la confluence avec le Ruet. Elle ne prend la dénomination de Bionne qu’à partir de ce point.
Cette rivière prend sa source en forêt d’Orléans, au nord-est de la commune de Loury et est alimentée par plusieurs résurgences et fossés dits « fossés jurés » de la forêt. D’autres sources alimentent la rivière dans la Forêt du Grand Bouland, sur la commune de Boigny sur Bionne. Jusqu’à son exutoire dans le canal d’Orléans à Combleux, elle s’écoule sur environ 20km.
Le cours d’eau du Cens prend « sa source » en Forêt d’Orléans. Il ne s’agit pas d’un endroit où l’eau sort de terre pour former un petit ruisselet mais plutôt d’une vaste zone humide qui fonctionne comme « une éponge » : lorsque l’eau est en excès, elle ruisselle et forme ce réseau hydrographique particulièrement dense en forêt et en période plus sèche, elle restitue l’eau progressivement jusqu’à ce qu’elle soit complètement « sèche ».
En revanche, sur sa partie aval, de nombreuses sources alimentent les ruisseaux affluents du Cens.