Les ruptures de continuité écologique ont en premier lieu un impact sur le milieu et sa biodiversité. Les déficits de sédiments liés à un moindre transit sédimentaire peuvent accentuer le phénomène d’érosion, et conduire ainsi à une dégradation de la morphologie des milieux. Les espèces dont les habitats sont ainsi dégradés en pâtissent. L’absence d’écoulement favorise en outre le réchauffement de l’eau, au point que sur certaines grandes retenues, le phénomène d’évaporation a pour conséquence la perte d’un volume d’eau significatif.

L’impossibilité pour les organismes d’accéder à tout ou partie de leur habitat limite leur capacité à se reproduire, à s’alimenter et à s’abriter. De plus, les possibilités d’échanges génétiques entre les différentes populations sont réduites. Cela peut participer à la disparition de certaines espèces, en particulier les espèces de poissons migrateurs, pour qui la connectivité entre la mer et l’amont des bassins versants est indispensable pour leur cycle de vie. C’est par exemple le cas de l’Anguille européenne, en danger critique d’extinction, pour laquelle les obstacles à l’écoulement sont un des facteurs qui expliquent sa forte régression.

Certains usages de l’eau et des milieux aquatiques peuvent aussi pâtir des ruptures de continuité écologique. C’est particulièrement vrai pour la pêche, directement impactée par la diminution du nombre d’espèces pêchées, qu’elle soit exercée par des pêcheurs professionnels ou par des pêcheurs de loisir.

Plus largement, toutes les activités humaines peuvent être impactées par l’érosion de la biodiversité.

Cas des barrages :

En créant des chutes d’eau artificielles lors de la construction d’un ou de plusieurs ouvrages, la ligne d’eau et la pente naturelle du cours d’eau sont modifiées. Les eaux courantes se transforment alors en une succession de retenues d’eau stagnante, pouvant provoquer :