Notion introduite en 2000 par la directive cadre sur l’eau, la continuité écologique d’un cours d’eau est définie comme « la libre circulation des organismes vivants et leur accès aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri, le bon déroulement du transport naturel des sédiments ainsi que le bon fonctionnement des réservoirs biologiques.

Depuis l'antiquité, les hommes ont construit des seuils et des barrages dans les rivières pour produire de l’énergie, rendre possible la navigation, prélever et transporter de l’eau pour la consommer ou pour irriguer ou encore créer des étangs de pisciculture.

Au-delà de ces ouvrages dont une grande majorité ont perdu leur usage, les nombreux travaux hydrauliques des dernières décennies (stabilisation des cours d’eau, protection des infrastructures…) ont conduit à la multiplication des seuils, dont la plupart ont une hauteur inférieure à deux mètres. Début 2010, plus de 60000 ouvrages sont recensés sur les cours d’eau en France.