Les rivières sont affectées par de nombreux aménagements : endiguements, rectifications, recalibrages, barrages, etc… Ces aménagements ont un impact négatif sur les espèces aquatiques et notamment les poissons migrateurs. Ils touchent souvent également les berges et font disparaitre les ripisylves, avec un impact négatif sur les espèces fréquentant ces milieux.

Ces impacts négatifs sur les milieux physiques sont accentués par des pressions chimiques (pollutions ponctuelles et diffuses), et biologiques (espèces exotiques envahissantes). Les principales pollutions sont l’enrichissement en nutriments (nitrates et phosphates), la désoxygénation des eaux suite à l’eutrophisation et le colmatage des fonds. Parmi les espèces exotiques envahissantes, de nombreuses espèces de flore (jussies, myriophylles du Brésil, Azolla fausse-fougère, etc) et de faune (Ecrevisses américaines, ragondins,etc) sont présentes dans de nombreux cours d’eau.